Der Kreuzgarten ist das Zentrum der Anlage, um das der Kreuzgang und die verschiedenen Räume der Klausur angeordnet sind.
Wappen des Klostergründers Sigiboto von Ruck
Wappen der Klostergründer Anselm und Hugo von Tübingen
Der Johannesbrunnen innerhalb des Klosterhofes wurde im 16. Jahrhundert von einem Reutlinger Bildhauer geschaffen. Die Brunnenfigur stellt Johannes den Täufer, der Schutzpatron des Klosters ist, dar.
Die Brunnenkapelle war für die Mönche der Ort ihrer täglichen Reinigung. Der Schöpfbrunnen wird bis heute mit Wasser des Blautopfs gespeist. Der durch drei Maßwerkfenster lichtdurchflutete Raum ist vom Kreuzgang aus zu betreten.
Das Chorgestühl, das unter der Leitung von Jörg Sürlin d.J. entstanden war, bot 66 Mönchen Platz.
Das Laienschiff mit einem flachen Tonnengewölbe mit Rippennetz wird heute für Veranstaltungen genutzt.
Der Chorraum ist das Herzstück der Klosteranlage. Das im späten Mittelalter entstandene Ensemble aus Stein und Holz richtet sich ganz auf das Sanctuarium aus, in dem der Hochaltar seinen Platz hat.
Der Kapitelsaal ist ein zweischiffiger Raum mit Kreuzrippengewölbe, in dem die täglichen Versammlungen des Konvents stattfanden. heute befinden sich in diesem Raum u.a. gotische Grabplatten der Grafen von Helfenstein, die die Vogtei innehatten.